Rektor je štatutárnym orgánom vysokej školy, riadi ju, koná v jej mene a zastupuje ju navonok. Za svoju činnosť zodpovedá akademickému senátu verejnej vysokej školy. Rektora vymenúva a odvoláva na návrh akademického senátu verejnej vysokej školy prezident Slovenskej republiky.
Rektora zastupujú prorektori, kvestor a iné osoby v rozsahu stanovenom osobitným rozhodnutím rektora alebo vnútorným predpisom UCM. Právne postavenie, zákonné vymedzenie kompetencií a pôsobnosť rektora sú upravené príslušnými ustanoveniami zákona o VŠ a Štatútu UCM.
Rektor v rámci svojej právomoci vydáva vnútorné predpisy UCM, opatrenia, rozhodnutia, usmernenia a príkazy. V pracovnoprávnych veciach rektor uzatvára, mení a rozväzuje pracovné pomery so zamestnancami rektorátu a inštitútov. Uzatvára tiež dohody o prácach vykonávaných mimo pracovného pomeru pre účel zabezpečenia činnosti pracovísk.
Oznámenie funkcií, zamestnaní, činností a majetkových pomerov rektora